清热燥湿，泻火解毒。用于湿热痞满，呕吐吞酸，泻痢，黄疸，高热神昏，心火亢盛，心烦不寐，血热吐衄，目赤，牙痛，消渴，痈肿疔疮；外治湿疹，湿疮，耳道流脓。酒黄连善清上焦火热。用于目赤，口疮。姜黄连清胃和胃止呕。用于寒热互结，湿热中阻，痞满呕吐。萸黄连舒肝和胃止呕。用于肝胃不和，呕吐吞酸。
抗菌：抗菌谱较广，对痢疾杆菌的抗菌作用最强，优于磺胺。对金黄色葡萄菌球、肺炎双球菌、脑膜炎球菌、白喉杆菌、链球菌、人型结核杆菌也有较显著的抑菌 作用。此外，体外试验黄连素和黄连煎剂对钩端螺旋体也有较强的抗菌作用。
治疗湿热
黄连在中医里配以其他辅助药物既适用于湿热，也适用于火热，黄连苦寒，泻火解毒功效很强，凡是湿热阻滞，温病高热，烦躁不安等都可使用，治疗湿热常配以半夏，瓜萎，等，治疗火热常配以朱砂、地黄等。
抗病毒
对多种流感病毒、以及新城病毒有抑制作用。
抗原虫
黄连煎剂、黄连素在体外和体内均有抗阿米巴原虫的作用，故也可治疗阿米巴痢疾作用。
抗真菌
作用与黄芩相似，但黄连效力较强。
治疗疟疾
在我国中医里黄连一直都是用来治疗疟疾等严重的腹泻，黄连中含有黄连素，在现在医学中黄连素也是一种非处方的腹泻药物，主要是黄连素具有抑菌抗菌作用，对痢疾杆菌，结核杆菌，肺炎球菌，伤寒杆菌以及白喉杆菌等都具有抑制作用，对痢疾杆菌的作用最强，是治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病的特效药。
治疗消化道炎症
胃炎，胃溃疡，肠胃炎，肠炎等消化道疾病一直都是属于很难治疗的疾病，很多药物对胃肠道都有刺激作用，在食用之后对炎症虽有治疗效果，但同时也有刺激促进作用，对药物的量的把控很难做到准确，黄连不一样，黄连在食用之后其主要成分黄连素是不会通过胃肠道黏膜进入血液的，其主要是在胃肠道中停留，由于苦涩作用会使黄连素在胃肠道中停留的时间增长，对消化道炎症的治疗效果明显。
用于治疗热病而致烦燥、精神恍惚、谵语、口干脉实（由于炎症高热引起）、则配黄芩、桅子等，方如黄连解毒汤。
降低血糖
黄连中的黄连素对血糖的调控与药物的计量和给药的方式有关，在治疗糖尿病患者时可适当的在静脉滴水中加少量的黄连素，能明显的姜烯血糖，但是需要注意黄连素静脉滴注的量不能过高，以免引起心脏系统的抑制，减缓心跳速度，严重者还可能出现横纹肌溶解症及乳酸中毒症。
治疗小儿消化不良
用于治疗小儿消化不良，口臭，嗳出腐败气味。取其健胃助消化，故生姜泻心汤半夏泻心汤都用黄连。