对于子宫内膜不典型增生的治疗，首先要明确诊断，查清原因，若伴有多囊卵巢、卵巢功能性肿瘤、其他内分泌功能紊乱，应行针对性治疗。
同时对诊断为子宫内膜不典型增生者即刻开始对症治疗，采用药物治疗或手术治疗。年轻的患者则可以先考虑药物治疗。
方案的选择应根据患者的年龄、对生育的要求，以及身体健康情况等确定。年龄小于40岁者，其癌变倾向低，可首先考虑药物治疗。年轻而盼望生育者，更应先试用药物治疗，因药物治疗后约30%患者仍有可能受孕并足月分娩。对于绝经前后的妇女，癌变的潜在趋势高于年轻者，故多直接采取子宫切除。
药物治疗药物治疗原则为：规范用药、长期检查、定期检测、及时助孕。药物的使用、疗程必须要在医生的指导下进行，并且注意对药物是否有不良反应。
促排卵药物：
氯米芬，每天一次，周期第5～9天服用，必要时用药期可延长2～3天。
孕激素类药物：
根据内膜不典型程度不同而有区别，轻度不典型增生可以黄体酮肌注，周期第18天或第20天开始，共用药5～7天。中度及重度不典型增生者连续性应用甲羟孕酮，以3个月为一个疗程，每完成一个疗程即刮宫或取子宫内膜组织作组织学检查，根据对药物的反应，选择停止治疗或对药物的剂量酌情增减。亦可宫腔内放环。
年轻的患者在药物治疗疗效不果的情况下，也应该考虑手术治疗，以免病情加重或者发展成癌症或者病情反复。
手术治疗刮宫吸宫术不仅是重要的诊断方法，也是治疗手段之一。因为局部病灶通过刮宫亦有被清除的可能。
手术治疗主要是刮宫吸宫术。但要注意的是，高血压、糖尿病、肥胖或对于手术耐受力差者，应该要谨慎选择是否用手术治疗。
年龄在40岁以上，无生育要求的子宫内膜不典型增生患者，一经诊断即可行子宫切除。
但对于高血压、糖尿病、肥胖或高龄而对于手术耐受力差者，也可考虑在严密随诊检测下先试用药物治疗。
年轻患者经药物治疗无效，内膜持续增生或加重或怀疑已发展为癌，或阴道出血不能为刮宫及药物治疗所控制及产后复发者，均可考虑手术切除子宫。