洪武九年，因下属官员，空白盖印公务文书。朱元璋策划了空印案，诛杀数百名官员。这实为一个冤案，然而其影响之大，实属罕见。

洪武十三年，朱元璋诛杀宰相胡惟庸，随后大肆株连功臣宿将，牵连甚广。最后顺势罢除丞相，权分六部，从此中国再无宰相一职。

洪武十八年，朱元璋，又策划了一场，国家剪天下羊毛的行动，郭桓案。以其涉案金额巨大，对经济领域影响深远而为世人瞩目。

洪武二十六年，朱元璋借口蓝玉谋反，又株连杀戮功臣宿将彻底铲除了将权，对君权的潜在威胁，从此军权皆出于朝廷。