中医疗法中医有着非常悠久的历史，在治疗巧克力囊肿等妇科疾病方面比较注重调解阴阳失衡，因此对于中医治疗，要听从医嘱，按剂量服用药物。
物理疗法是应用非常广泛的巧克力囊肿治疗方法，目前比较先进的是利用宫腹腔镜进行治疗，在根据患者情况，适当选择合适治疗方法，具有检查治疗的双重效果。
卵巢囊肿剥离术腹腔镜下卵巢囊肿剥除术指腹腔镜下完全剥离卵巢囊肿保留余下正常卵巢组织的手术，是治疗重度巧克力囊肿的治疗方法。