一般而言，不同地区做胃镜检查的费用可能会有些差异。北京地区三级医院胃镜检查费用收费300-400元左右。如果临床上需要做胃镜检查，但此前又没有做过任何辅助检查，这种情况下可能实际费用还要高一些。
因为要完成胃镜检查，医疗机构通常要求患者首先做一些胃镜检查前的准备工作，即做一些必要的化验检查，以提高胃镜检查的安全性，减少可能的并发症。这些检查通常包括：1）血常规检查；2）凝血功能检查；3）感染性疾病筛查，如乙肝、丙肝、梅毒，以及艾滋病筛查。上述化验检查通常需要在200元左右。此外，上述费用不包括幽门螺旋杆菌检查，以及可能活组织检查病理取材及检查的费用。
对于做胃镜疼不疼这个问题大家也是众说纷纭，有人说疼有人说不疼，大概每个人对疼痛的感受程度不同。但几乎每个做过的人都说很恶心(会抑制不住地想吐)，不过要注意的是，这里让人恶心的胃镜是普通胃镜。
目前流行的胃镜有两种：普通胃镜和无痛胃镜。
普通胃镜是最常见的胃镜，也是让大家最难过的一种，需要将胃镜导管从口腔或者鼻腔往下插，一直插到胃底十二指肠附近。一根黑胶管子在你食道和胃里动来动去可不是什么愉快的事情，有的人忍受不了，就有了无痛胃镜。
无痛胃镜实际上是普通胃镜+全身静脉麻醉。病人在做胃镜前会被注射麻药，一分钟内便会昏睡过去，昏睡过程中医生操作胃窥镜进行检查，检查完毕后过一会儿就可以把病人唤醒，病人全程无痛苦。当然，无痛胃镜要贵些，参考价格在800-1000元，这个价格还要视每个地区、每个省份的物价水平有变动。
还有一种胃镜叫胶囊胃镜，将微型电子拍摄仪器封装在一个小拇指第一个指节那么大的胶囊里，病人吞服下就可以检查，当然一点痛苦没有。这种胃镜很贵，大概在4000-5000元吧，一般人应该不会选择这个而且，万一这个胶囊梗阻在体内，无法排出，就要做开腹手术了
胃镜一般需要不到10分钟的时间，肠镜需要15至20分钟。
害怕做胃镜只是一种心理作用，是部分敏感人的感受。只要彻底放松，坚持做深呼吸，与医生很好配合，都能顺利完成。
肠镜通常也分为两种，一种是无痛肠镜，一种是普通肠镜。做肠镜之前要做好肠道准备，还会有乙肝，丙肝等传染病的检查，及心电图，凝血功能的检查，费用大概在400元左右。无痛肠镜有无痛麻醉，会有额外的收费，价位高一些，大概700-800元左右，普通肠镜大概400-500元左右。如果肠镜检查过程中发现有息肉，需要息肉切除，或怀疑有恶变的地方，需要取病理活检等，会有额外的收费。
肠镜还是有些不适的，需要把肠镜的管子从肛门内推入，然后顺着肠子走形不断深入，因为肠子是有升结肠，降结肠，乙状结肠等，到了转弯的地方，就会有些疼了。
无论是做肠镜还是胃镜，如尽量让自己放松，不屏气，自然呼吸，配合医生的指令，都可以缓解不适。