基于CPU卡的校园卡增加了密钥管理系统，在校园卡与终端设备进行数据交换时，传输的都是经过加密之后的数据，破解起来很难。
基于CPU卡的校园卡内置8位CPU处理器，在安全性上更有保障，可以智能识别用户的消费数据，并与控制系统联系，在出现异常操作时，会要求强制输入用户PIN密码，遇到这种情况基本上无法破解。
基于CPU的校园卡内置了微处理机和IC卡操作系统，在进行终端数据传输时，可以同步进行数据的加密和解密，并与系统之间进行相互认证，认证过程极短，这么短的时间内，基本上无法拦截数据并破解。
基于CPU的校园卡在进行交易的时候，不是简单地使用唯一的密码与系统进行认证，而是一种动态认证，每次交易认证的密码都是不一样的，即使在这个过程中截获了密码，也不可用于下次交易，所以仅仅凭借终端设备是无法破解的。