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明太祖朱元璋知道江山得来不易，为了巩固政权、防止功臣功高震主，他把跟随自己出生入死的功臣基本上诛杀殆尽，还把自己的儿子分封到各地为王，想让他们共同辅佐皇帝，以保护君权。这些藩王的兵力强弱不ー，其中最强的是靠近北部边塞的秦、燕、晋三王。而这三王之中，燕王朱棣更胜一筹，他甚至拥有统辖各镇兵马的权力。
本来，朱元璋的出发点是好的，没想到适得其反，藩王势力越大，对君权的威胁也越大。朱元璋驾崩后，皇长孙建文帝朱允炆登基，此时藩王的势力越发强大。建文帝感受到这些来自藩王的威胁，便与近臣黄子澄、齐泰商量削藩事宜。齐泰建议从燕王朱棣下手，因为他的兵力最强、野心最大。黄子澄对此坚决反对，他觉得这样风险太大，而且容易打草惊蛇，应该先除去燕王周围的藩王。建文帝采纳了黄子澄的建议，先后将周、岷、湘、齐、代五位藩王革职发配。这样一来，藩王中就只有燕王朱棣一枝独秀了。
建文元年(1399)夏，燕王朱棣首先采取了行动，他以进京保护皇帝、诛杀奸臣为名起兵，并且打出了“清君侧，靖内难”的旗号，称自己的军队为“靖难军”。因此，历史上把这场战争称作“靖难之役”。单从兵力上来讲，建文帝是占优势的，于是他想集中优势兵力，将燕王的军队在北平一举歼灭。可是，由于当初朱元璋对功臣宿将大肆杀戮建文帝找不出一个像样的将领供自己差遣。无奈之下，建文帝只好起用老将耿炳文。耿炳文已年近古稀，根本抵挡不住燕王，燕王在很短时间内就攻克了居庸关、密云、遵化等地。得知兵败的消息，再加上黄子澄的极力推荐，建文帝决定削去耿炳文的大将军之职，由李景隆对抗燕军。李景隆对打仗毫无经验，只知道贪功冒进，没几个月的时间，就连吃了几个败仗。
这场战争持续了三年之久，直到建文三年(1401)，皇宫内的一个宦官将南京城的真实情况报告给燕王，原来南京城早已没有抵抗的能力，如果燕王发兵，轻而易举就可攻克。燕王当机立断，率军直取南京，燕军一路势如破竹，渡过长江后一举将南京城包围。僵持了没几天，南京城的将领见大势已去，就打开了城门投降、皇宫也因混乱而陷入一片火海之中。
燕王率军进城后，第一件事就是查找建文帝的下落，在皇宫废墟中人们只找到了几具烧焦的尸体，无法辨认身份。燕王一边哭一边说：“我只是想帮你除掉身边的奸臣，事情怎么会弄到这个地步啊!”然后下令把这些尸体按照礼制下葬。
历时三年的靖难之役最终以叔叔燕王朱棣取得帝位而结束。战争虽结束，与此相关的历史却在发展;燕王进京后，宫中起火，建文帝下落不明。有的说建文帝于宫中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落发为僧，云游天下，传说他于正统朝入居宫中，寿年而终;又有一说建文帝逃至东南亚，郑和下西洋的其中一个目的就是寻找建文帝。建文帝的真正下落已不可确考，成为明史上的一大悬案。